Neue Core-Facility für Bioinformatik
04.12.2022Newsmeldung:
Proteine übernehmen wichtige Funktionen im Körper beispielsweise als Enzyme oder Transportproteine. Ziel der Proteomik ist es, die Gesamtheit der Proteine innerhalb eines Gewebes oder einer Körperflüssigkeit zu messen und so Einsicht in die Entstehung oder den Verlauf von Erkrankungen zu erhalten. Außerdem können Proteine in Körperflüssigkeiten, beispielsweise Blut oder Urin, nachgewiesen werden und als Marker für die Frühdiagnose von Krankheiten wie Alzheimer, Parkinson oder verschiedenen Krebserkrankungen dienen.
Expertenwissen und Software-Tools
Bei solchen Messungen werden große Datenmengen generiert, die mit komplexen Algorithmen aus der Bioinformatik ausgewertet werden müssen. Hierfür sind sowohl das Wissen von Expertinnen und Experten als auch geeignete Software-Tools nötig. Die Forschenden an der im Rahmen eines Hochschulsondervertrages neu entstehenden Core-Facility der Medizinischen Fakultät „Core Unit Bioinformatics Medicine“, kurz „CUBiMed.RUB“, beschäftigen sich unter anderem mit dem Thema „Bioinformatik für Proteomik“. Der Forschungsbereich unter der Leitung von Prof. Dr. Martin Eisenacher stellt in enger Zusammenarbeit mit dem Medizinischen Proteom-Center (Institutsleiterin Prof. Dr. Katrin Marcus) Services und Tools zur Verfügung, die Forschende bei ihrer Arbeit unterstützen.
Ein Service ist die Beratung zur bioinformatischen und statistischen Auswertung der Daten. Diese umfasst unter anderem die Planung des Experiments, Vorverarbeitung der Daten, statistische Analyse und die Erstellung von Grafiken, Interpretation der Ergebnisse, sowie die Unterstützung bei wissenschaftlichen Publikationen. Neben der Beratung werden auch Software-Tools und Workflows für verschiedene Anwendungsfälle zur Verfügung gestellt. Eine weitere Kernaufgabe des Teams ist die stetige wissenschaftliche Weiter- und Neuentwicklung von Tools, um die Massenspektrometrie-Technik voranzutreiben. Dazu werden das Feedback und die Expertise der Anwendenden aufgegriffen. Für die angebotenen Tools, aber auch zur statistischen Auswertung der Daten finden regelmäßig grundlegende und fortgeschrittene Trainingskurse statt, die sowohl für Promovierende als auch für Postdocs geeignet sind.
Förderung
Die Core-Facility für Bioinformatik baut auf dem von 2014 bis 2021 vom Bundesministerium für Bildung und Forschung geförderten Projekt de.NBI-BioInfra.Prot auf und wird im Frühjahr 2023 um den Bereich Genomics ergänzt. Mithilfe der Core-Facility kann das dort etablierte Angebot an Tools, Services und Trainings weitergeführt werden. Nach wie vor bestehen enge Kooperationen mit der europäischen Infrastruktur-Initiative ELIXIR. Die Finanzierung erfolgt aus den Mitteln des Sonder-Hochschulvertrages.
Bildnachweis: Medizinische Fakultät der RUB
Hier geht's zum Artikel der RUB-News
